使用DoHeatmap时出现在绘图图例中的奇怪字符

Question

我使用Seurat分析单细胞RNA-seq数据，在聚类和标记选择之后，我设法用DoHeatmap()绘制了热图，但得到了图例中出现的一堆随机字符。它们是随机字符，因为每次运行代码时它们都会发生变化。我担心这与我自己的数据集有关，所以我尝试了测试Seurat对象'ifnb‘，但仍然得到了相同的问题(参见示例图中的红色椭圆形)。example plot

我还尝试在终端中(通过readRDS)导入R中的Seurat对象，并运行绘图函数，但在那里得到了相同的问题，所以这不是Rstudio的事情。

下面是我运行的代码：

“”“

library(Seurat)
library(SeuratData)
library(patchwork)

InstallData("ifnb")
LoadData("ifnb")

ifnb.list <- SplitObject(ifnb, split.by = "stim")
ifnb.list <- lapply(X = ifnb.list, FUN = function(x) {
    x <- NormalizeData(x)
    x <- FindVariableFeatures(x, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
})

features <- SelectIntegrationFeatures(object.list = ifnb.list)

immune.anchors <- FindIntegrationAnchors(object.list = ifnb.list, anchor.features = features)
immune.combined <- IntegrateData(anchorset = immune.anchors)
immune.combined <- ScaleData(immune.combined, verbose = FALSE)
immune.combined <- RunPCA(immune.combined, npcs = 30, verbose = FALSE)
immune.combined <- RunUMAP(immune.combined, reduction = "pca", dims = 1:30)
immune.combined <- FindNeighbors(immune.combined, reduction = "pca", dims = 1:30)
immune.combined <- FindClusters(immune.combined, resolution = 0.5)


DefaultAssay(immune.combined) <- 'RNA'

immune_markers <- FindAllMarkers(immune.combined, latent.vars = "stim", test.use = "MAST", assay = 'RNA')
immune_markers %>%
    group_by(cluster) %>%
    top_n(n = 10, wt = avg_log2FC) -> top10_immune
DoHeatmap(immune.combined, slot = 'data',features = top10_immune$gene, group.by = 'stim', assay = 'RNA')

“”“

有没有人知道如何解决这个问题，而不是重新安装所有东西？

Answer 1

我自己也遇到了同样的问题，虽然我已经通过不需要图例解决了这个问题，但我认为你可以使用this approach并使用类似的解决方案：

DoHeatmap(immune.combined, slot = 'data',features = top10_immune$gene, group.by = 'stim', assay = 'RNA') +
scale_color_manual(
    values = my_colors,
    limits = c('CTRL', 'STIM'))

让我知道这是否有效！它不能解决奇怪的文本值的来源，但它能解决这个问题！如果你还没有，我建议你在Seurat论坛上创建一个论坛问题，看看这些字符来自哪里！