Python netCDF4 -将新变量添加到现有文件中，并更改其形状

Question

我有两个netCDF文件：file1.nc和file2.nc，唯一的区别是file1.nc包含一个变量'rho‘，我想通过修改变量将其附加到file2.nc中。原始file2.nc中不包含'rho‘。我使用的是Python模块netCDF4。

import netCDF4 as ncd  
file1data=ncd.Dataset('file1.nc')

file1data.variables['rho']

<class 'netCDF4._netCDF4.Variable'> float64 rho(ocean_time, s_rho, eta_rho, xi_rho)
    long_name: density anomaly
    units: kilogram meter-3
    time: ocean_time
    grid: grid
    location: face
    coordinates: lon_rho lat_rho s_rho ocean_time
    field: density, scalar, series
    _FillValue: 1e+37 
unlimited dimensions: ocean_time 
current shape = (2, 15, 1100, 1000) 
filling on

所以rho的形状是2,15,1100,1000，但在添加到file2.nc时，我只想添加ro1，15,1100,1000，即只添加第二个时间步长的数据。这将导致file2.nc中的'rho‘的形状为15,1100,1000。但我一直无法做到这一点。

我一直在尝试这样的代码：

file1data=ncd.Dataset('file1.nc')
rho2=file1data.variables['rho']
file2data=ncd.Dataset('file2.nc','r+') # I also tried with 'w' option; it does not work
file2data.createVariable('rho','float64')
file2data.variables['rho']=rho2  # to copy rho2's attributes
file2data.variables['rho'][:]=rho2[-1,15,1100,1000] # to modify rho's shape in file2.nc
file2data.close()

这里我漏掉了什么？

Answer 1

您尚未在第二个netCDF文件中指定变量rho的大小。

您正在做的是：

file2data.createVariable('rho','float64')

当它被认为是

file2data.createVariable('rho','float64',('ocean_time', 's_rho', 'eta_rho', 'xi_rho'))