尝试在Linux mint 20.2中安装Tidyverse

Question

在过去的几天里，我一直在努力让RStudio打开或关闭，最终让它运行起来，并开始安装包。Readr安装得很好，但tidyverse拒绝安装。

/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libcrypto.a(v3_genn.o): relocation R_X86_64_PC32 against symbol `GENERAL_NAME_it' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/bin/ld: final link failed: bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: openssl.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘openssl’
* removing ‘/home/william/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/openssl’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘openssl’ is not available for package ‘ids’
* removing ‘/home/william/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/ids’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ids’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘openssl’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/home/william/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/httr’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘httr’ is not available for package ‘gargle’
* removing ‘/home/william/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/gargle’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘gargle’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘httr’ is not available for package ‘rvest’
* removing ‘/home/william/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rvest’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘rvest’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘gargle’, ‘httr’ are not available for package ‘googledrive’
* removing ‘/home/william/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/googledrive’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘googledrive’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘gargle’, ‘googledrive’, ‘httr’, ‘ids’ are not available for package ‘googlesheets4’
* removing ‘/home/william/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/googlesheets4’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘googlesheets4’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘googledrive’, ‘googlesheets4’, ‘httr’, ‘rvest’ are not available for package ‘tidyverse’
* removing ‘/home/william/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/tidyverse’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘tidyverse’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpyoCTNu/downloaded_packages’

为了解决这个问题，我尝试了两个方面的建议：

第一个选项是'sudo apt install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev‘

来自本网站：https://blog.zenggyu.com/en/post/2018-01-29/installing-r-r-packages-e-g-tidyverse-and-rstudio-on-ubuntu-linux/

第二个是'sudo apt-get install r-base-dev unibxml2-dev libssl-dev libcurl4-openssl-dev unixodbc- xml2‘

来自rstudio社区页面：https://community.rstudio.com/t/cant-install-tidyverse/29293

我发现的第三个选项对我来说在没有指导的情况下太高级了:如果已经安装了openssl，检查'pkg-config‘是否在您的路径中，并且PKG_CONFIG_PATH是否包含一个openssl.pc文件。如果pkg-config不可用，您可以通过以下命令手动设置INCLUDE_DIR和LIB_DIR :R INSTALL --configure-vars=‘INCLUDE_DIR... LIB_DIR=...’

我肯定我做错了什么。我认为有些东西可能不在正确的位置，或者链接到了错误的位置。任何帮助都将不胜感激。

(另外，作为参考，这是我第一次使用linux，所以请尽可能地简化回答)

Answer 1

我现在已经让它起作用了。通过查看错误消息，我发现了在安装tidyverse (和运行)之前需要安装的依赖项。

最好安装最新版本的R，但不是必需的。我遵循了本教程中的步骤：https://linuxconfig.org/how-to-install-rstudio-on-ubuntu-20-04-focal-fossa-linux

为了把所有的东西放在一个地方，我把步骤放在这里：

步骤1：

$ sudo apt update

$ sudo apt -y install r-base gdebi-core

第2步:从他们的网站安装Rstudio

第3步:对于这一步，请确保您位于已下载文件的文件夹中，对于我来说，位于downloads中

$ sudo gdebi rstudio-1.2.5019-amd64.deb

步骤4:打开Rstudio

为了让tidyverse正常工作，我的错误消息都是关于非零退出状态的。我所做的就是仔细检查，找到没有正确安装的软件包，然后手动安装它们。

我的第一个问题是curl。我先试着在Rstudio中安装它。当我得到一个错误时，我进入终端并安装了

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

如果openssl拒绝安装，请尝试：

sudo apt-get install libssl-dev

我再次尝试安装tidyverse，没有成功。它仍然在xml2和rvest上遇到麻烦。我用在终端中安装了xml2。

sudo apt-get install libxml2-dev

之后，使用Rstudio安装rvest，并成功安装tidyverse。

这些说明适用于R 4.1.1和R 3.4.4

Answer 2

这里的R版本似乎很旧，是3.6版。一堆与tidyverse相关的东西围绕着从3.*到4.*的转换而中断。

如果你遵循这样的过程，它应该会让你走上正确的道路，使用适当的R版本，其余的可能会到位。

https://linuxize.com/post/how-to-install-r-on-ubuntu-20-04/

有时，在linux计算机上，您会因为缺少系统级依赖项而无法安装软件包。这些消息通常是信息性的；它们会告诉您需要什么以及获取它的命令。