从现有docker图像扩展奇点图像的问题

Question

我尝试用我的定义文件nnunet.def来扩展pytorch docker image

Bootstrap: docker
From: pytorch/pytorch:1.4-cuda10.1-cudnn7-runtime

%post
    git clone https://github.com/NVIDIA/apex
    cd apex
    pip install -v --no-cache-dir ./

%runscript
    echo "Running nnunet container..."

然而，当我构建这个镜像(使用sudo singularity build image.sif nnunet.def)时，我得到了一个错误，告诉我pip is not found：

...
+ pip install -v --no-cache-dir ./
/.build-script-post: 6: /.build-script-post: pip: not found
FATAL:   failed to execute %post proc: exit status 127
FATAL:   While performing build: while running engine: while running /usr/local/libexec/singularity/bin/starter: exit status 255

为什么？

更令人惊讶的是，当我直接从下面的图像进入一个shell时：singularity shell docker://pytorch/pytorch:1.4-cuda10.1-cudnn7-runtime

我使用pip没有问题：

Singularity> pip freeze
asn1crypto==1.2.0
backcall==0.1.0
...

为什么我不能在定义文件的%post部分使用pip？

Answer 1

简而言之：%post中的$PATH值与在shell中运行时的值不同，因此它不知道从哪里查找。

如果您查看pip在docker或奇点图像中的位置(which pip)，它位于/opt/conda/bin/pip。%post中使用的默认路径是/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin。

当你看到一个错误，指出命令在作为脚本的一部分运行时不可用，但当你以交互方式运行时，它是可用的，这几乎总是一个环境问题，PATH、PYTHONPATH、PERL5LIB等是常见的罪魁祸首。

如果在%post代码块的开头添加export PATH=/opt/conda/bin:$PATH，应该可以解决这个问题。