如何在R中绘制k折交叉验证图

Question

我有一个类似于下面的模型，我想知道，有没有一种漂亮而有效的方法来绘制折叠，以显示我的模型的稳定性和性能？

data(iris)
df=iris[,1:4]
con = trainControl(method="cv", number=5,savePredictions = TRUE)
for_train = createDataPartition(df$Sepal.Length, p=.70, list=FALSE) 
train=df[for_train,] 
test=df[-for_train,] 

trf_iris = train(Sepal.Length~ .,
                 data=train,ntree=5000,method="rf",metric="Rsquared",trControl=con,importance = TRUE)

Answer 1

如果运行str(trf_iris)，您会发现trf_iris$control$index包含每个文件夹的行索引列表。您可以提取它们以重新创建五折叠子集，然后绘制它们。

library(dplyr)
library(ggplot2)

# get fold subsets
fold_data <- lapply(trf_iris$control$index, function(index) iris[index,]) %>% 
    bind_rows(.id = "Fold")

# example plots
ggplot(fold_data, aes(Sepal.Length, col = Fold)) + geom_density()

ggplot(fold_data, aes(Sepal.Width, Sepal.Length, col = Fold)) + 
    geom_point(col = "black") + 
    geom_smooth(method = lm, se = FALSE)

​

​

如果您发现分隔折叠图看起来更好，可以添加+ facet_wrap(.~Fold)。

​

​