如何在具有jupyter环境的docker容器中安装psi4？

Question

我尝试在jupyter/minimal-notebook容器中安装psi4来进行量子化学计算。

但是，如下面的代码块所示，由于UnsatisfiableError的原因，我无法安装它。

(base) jovyan@17285cef33b0:~/work$ conda create -n psi4 python=3.6
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

....
(ellipsis)

(base) jovyan@17285cef33b0:~/work$ conda activate psi4

(psi4) jovyan@17285cef33b0:~/work$ conda install psi4 -c psi4
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: \ 
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
failed                                                                                                                                                                                                                  

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:

Output in format: Requested package -> Available versions

(psi4) jovyan@17285cef33b0:~/work$ 

它没有显示出不满意的地方。

我不想使用anaconda，因为我需要为anaconda的商业使用付费，我想使用conda-forge作为运行psi4的环境。我还想使用docker，因为我想要有相同的条件来运行程序。

你有什么好主意来解决这个错误吗？或者有没有什么环境可以满足我的愿望？

我的环境是Windows 10，我使用的是Docker Desktop WSL 2后端。

Answer 1

之前的回答被删除了，因为我刚刚粘贴了我的博客文章链接。我从我的博客文章中提取了如何构建的主要步骤，并对其进行了描述。

我自己在一个码头容器上构建并安装了Psi4。我在我的博客上写了一篇关于如何做到这一点的文章。有关更多详细信息，请参阅下面的博客文章。

https://solkul.hatenablog.com/entry/2021/04/23/002237

以下是如何构建它的主要步骤。

基本上，您可以根据此Psi4 documentation构建它。

1.克隆Psi4存储库

克隆Psi4存储库。

(base) root$ git clone https://github.com/psi4/psi4.git
(base) root$ cd psi4

2.创建新的conda环境

以root身份启动bash。Psi4只支持到Python3.7，所以我应该为Python3.7创建一个conda环境。

(base) root$ conda create -n quantum python=3.7
(base) root$ conda activate quantum
(quantum) root$

3.安装构建所需的包

键入以下命令以安装构建所需的包。Psi4 documentation列出了构建所需的工具和依赖项。

(quantum) root$ apt-get update
(quantum) root$ apt-get install -y build-essential cmake clang libssl-dev
(quantum) root$ apt-get install -y libopenblas-base libopenblas-dev
(quantum) root$ conda install -y numpy networkx pint pydantic
(quantum) root$ apt-get install -y libmpfr-dev libeigen3-dev

4.构建并安装

现在是构建的时候了！键入以下命令进行配置并生成以进行构建。

(quantum) root /psi4$ mkdir build
(quantum) root /psi4$ cd build
(quantum) root /psi4/build$ cmake ..

让我们开始构建吧！

(quantum) root /psi4/build$ make -j`getconf _NPROCESSORS_ONLN`

这个构建过程需要几个小时。

构建完成后，输入以下命令进行安装。

(quantum) root /psi4/build$ make install

5.将安装目录的lib附加到python导入路径

在默认配置中，二进制文件、includes、库等应该安装在/usr/local/psi4中。要使用Psi4作为python模块，需要将/usr/local/psi4/lib附加到python导入路径。您还应该在quantum环境中使用Psi4，我刚刚创建了quantum环境作为Python3.7环境。您可以通过每次将目录附加到sys.path来完成此操作，如下所示。

import sys
sys.path.append("usr/local/psi4/lib")

从现在开始，您可以导入Psi4。

import psi4