使用rename命令的输出使目录wo重命名文件

Question

我有一个包含多个文件的目录，它们都以"_1.fastq.gz“或"_2.fastq.gz”结尾

ERR3258060_1.fastq.gz  
ERR3258060_2.fastq.gz  
ERR3258861_1.fastq.gz  
ERR3258861_2.fastq.gz

我想要做的(第一步)是获取所有以_1.fastq.gz结尾的文件，保留文件名的前10个字符(ERR32.)并创建一个目录

因此，这些目录将类似于ERR3258060 ERR3258861

到目前为止，我已经使用bash尝试了以下操作

for f in *_1.fastq.gz
do
echo $f | rename -n 's/_1.fastq.gz//' * | mkdir
done

命令按照我想要的方式生成文件名，但是mkdir不会接受重命名的输出，它只会说“缺少操作数”，我如何才能让mkdir接受上一条命令的结果？

谢谢

Answer 1

不需要使用rename。您可以只使用sed。在第一步中，创建目录名，然后在mkdir中使用它。

for f in *_1.fastq.gz
do
    dir=$(echo $f | sed 's/_1.fastq.gz//')
    mkdir $dir
done