在MAC OS Mojave上下载STAR

Question

我正在尝试为RNA seq下载STAR。在我安装了gcc 8.2之后，在终端上输入这个命令

make STARforMacStatic CXX=/Users/local/Cellar/gcc/8.3.0/bin/g++-8

它一直在响应

make: *** No rule to make target `STARforMacStatic'.  Stop.

我怎样才能完成这项工作？

Answer 1

如今，你真的不需要下载和手动管理像gcc或建筑之星这样的东西。相反，安装Bioconda (即Miniconda + bioconda和conda-forge通道)，然后只需

conda install star

Answer 2

如果使用brew (如最新自述文件)，则此路径为(CXX=/Users/local/Cellar/gcc/8.3.0/bin/g++-8).

从自述文件复制并粘贴命令：

$make STARforMacStatic CXX=/usr/local/Cellar/gcc/8.2.0/bin/g++-8

brew文件的路径为/usr/local/Cellar。我的：

alex@vosjod:/usr/local/Cellar$ ls -1
adns
aom
bash-completion
bashmarks
ctags
erlang
exiftool
ffmpeg
fontconfig
freetype
frei0r
fribidi
gdbm
gettext
git
gmp
gnupg
gnutls
go
icu4c
jpeg
...