比较物种丰富度的散点图

Question

我有一个家庭作业问题，内容如下:文件“channel_islands_counts_edit.csv”包含多年来在许多地点收集的英吉利海峡群岛温带岩礁鱼类的调查数据。数据包含Year、Date、Site、count和SpeciesName列(分为成人和青少年)。我给你的数据的版本在27年内查看了16个地点，有27种鱼类的计数数据。想象一下，我们感兴趣的是不同物种的丰度是否在不同的地点相关(以了解物种是否具有相似的栖息地偏好和/或相互作用)，以及跨地点的相关性是否随着时间的推移而一致。为了使这一点可视化，请编写一些代码来执行以下操作:对于每一年，绘制一个散点图，比较不同地点的Hypsypops rubicundus (成虫)和Paralabrax clathratus (成虫)的丰度。如果您认为这有助于您看到任何模式，请随意转换用于绘图目的的数据。

我导入了我的数据集，并运行了以下代码，它给出了27个图，其中Site为x，Count为y，但图中没有显示任何数据。

head(channel_islands)
sapply(channel_islands, class) 
levels(channel_islands$SpeciesName)
par(mfrow= c(6,5)) # set the plotting area into a 6 row*5 column array
for (i in 1:27) {
  HR11<-subset(channel_islands,SpeciesName=="Hypsypops rubicundus,adult"[i] & Site==11)
  PC15<-subset(channel_islands,SpeciesName=="Paralabrax clathratus,adult"[i] & Site==15)
with(HR11,plot(count~Site,type='b',pch=19,ylim=c(0,10),xlim=c(0,16),col='green',main=i))
with(PC15,plot(count~Site,type='b',pch=19,ylim=c(0,10),xlim=c(0,16),col='blue',main=i))
}

如果有人能帮我弄清楚如何在27年内比较不同地点的物种丰富度，我将不胜感激。

Answer 1

代码"Hypsypops rubicundus,adult"[i]并没有真正的意义。从技术上讲，它应该适用于when i == 1，但除此之外，它将只返回NA。我假设SpeciesName == NA永远不会为真，所以你会得到一个空的子集。

考虑将ggplot2与facet_grid结合使用，以便在没有循环的情况下快速绘制多个绘图。The R Graphics Cookbook有使用facet的很好的例子。