R coin包中的chisq_test问题

Question

这是我关于stackoverflow的第一个问题，所以希望我能给你所有必要的信息。

我正在尝试使用coin包中的chisq_test函数，基于精确分布进行卡方检验。我想比较关于一个变量的两个组，但我正在运行一条警告消息。下面是一个最小的可重现的例子(至少我希望它是一个)：

library(coin)

dt <- as.data.frame(alzheimer)

xtabs(~ disease + gender, data = dt)

chisq_test(disease ~ gender, data = dt, distribution = "exact")

我正在检查列联表，以确保每个单元格有足够的案例。当我进行测试时，我得到以下输出：

> chisq_test(disease ~ gender, data = dt, distribution = "exact")

    Exact Pearson Chi-Squared Test

data:  disease by gender (Female, Male)
chi-squared = 9.7121, p-value = 0.3895

Warning messages:
1: In T - expectation(object) :
  longer object length is not a multiple of shorter object length
2: In (T - expectation(object))^2/variance(object) :
  longer object length is not a multiple of shorter object length

我使用近似分布计算了p值，以确保警告确实是一个问题：

> chisq_test(disease ~ gender, data = dt, distribution = approximate(nresample = 1e+05))

    Approximative Pearson Chi-Squared Test

data:  disease by gender (Female, Male)
chi-squared = 9.7121, p-value = 0.00756

由于两个p值有很大的不同，我想使用精确的分布一定有问题，但我就是找不出问题所在。

也许有人能帮我解决这个问题，或者理解这个警告的原因。

Answer 1

我写信给Torsten Hothorn，他是这个包的作者之一。他告诉我，卡方检验的确切分布只适用于2x2问题。因此，警告或未收到错误消息的事实是coin包的当前版本1.3-1中的错误。在R-forge版本的包中，这个错误已经修复。