ggplot ggplot rStudio如何使节点之间的线条变长并添加箭头？另外，我如何才能使图例更小？

Question

我有一个非常冗长的网络图。我基本上是想让它像一种流程图一样工作。我试图让它的美学既实用又令人愉悦，但我正经历着一段艰难的时期。图例的文本太大了，网络中没有足够的空间让所有内容都适当地隔开。另外，我想让背景变成不同的颜色。

然而，我所能找到的唯一解决方案是需要ggnet2包，但是当我尝试安装ggnet2包时，系统提示我无法在此版本的rStudio上安装该包。当我尝试更新我的rStudio时，它显示我有最新版本的rStudio。我不知道还能尝试什么。

任何帮助都将不胜感激！这是我的代码：

library(igraph)
library(RColorBrewer)

links <- data.frame(
 source=c("Pubertal Hormones, Timing, and Development","Pubertal Hormones, Timing, and Development","Pubertal Hormones, Timing, and Development","Pubertal Hormones, Timing, and Development","Genetic Vulnerability","Genetic Vulnerability","Temperament","Temperament","Depressogenic Vulnerability","Negative Cognitive Style","Negative Cognitive Style","Objectified Body Consciousness","Objectifed Body Consciousness","Rumination","Peer Sexual Harassment","Peer Sexual Harassment"),
 target=c("Genetic Vulnerability","Objectified Body Consciousness","Peer Sexual Harassment","Depressogenic Vulnerability","Temperament","Depressogenic Vulnerability","Negative Cognitive Style","Depressogenic Vulnerability","Gender Difference in Depression","Rumination","Depressogenic Vulnerability","Rumination","Depressogenic Vulnerability","Depressogenic Vulnerability","Objectified Body Consciousness","Gender Difference in Depression"),
 importance=(sample(1:4, 16, replace=T))
 )
V = c(links$source,
links$target) %>% 
unique() 

nodes <- data.frame(   name=V,   
carac=c(
rep("Biological Vulnerability",2),rep("Affective Vulnerability",3),rep("Cognitive Vulnerability",3),rep("Negative Life Events",2)) )

network <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=F) 

coul  <- brewer.pal(4, "Set3") 

my_color <- coul[as.numeric(as.factor(V(network)$carac))]

plot(network, vertex.color=my_color,vertex.shape=c("vrectangle"),vertex.size=c(150),vertex.label.cex=c(0.5))

legend("bottom", legend=levels(as.factor(V(network)$carac))  , col = coul , bty = "n", pch=20 , pt.cex = 3, cex = 1, text.col=coul , horiz = TRUE, inset = c(0.1, 0.1))

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Answer 1

使用像这样的小图形，您可以自定义布局，使其看起来更好。我们将逐一介绍这些问题。让我们从你的plot语句开始，但让我们通过设置随机种子来使其可重现。

set.seed(123)
plot(network, vertex.color=my_color,vertex.shape=c("vrectangle"),
    vertex.size=c(150),vertex.label.cex=c(0.5))

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最大的问题是绘图没有使用图形窗口中的所有空间。您可以使用margin参数对其进行一些调整。当我这样做的时候，框看起来太大了，所以我会同时把它们变小一点，并改变文本大小以匹配新的框。

set.seed(123)
LO = layout_nicely(network)

plot(network, layout=LO,  margin=-0.6, vertex.color=my_color,
    vertex.shape=c("vrectangle"), vertex.size=c(100),
    vertex.label.cex=c(0.7))

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好了，这样好多了，但还是有一些问题。首先，“青春期激素、时机和发育”的盒子太小了。我们可以通过使用顶点大小的向量来调整它。当我们改变这一点时，在图中还有一些其他的改变，所以让我们先做一个改变。

VS = rep(100, vcount(network))
VS[1] = 150
plot(network, layout=LO,  margin=-0.7, vertex.color=my_color,
    vertex.shape=c("vrectangle"), vertex.size=VS,
    vertex.label.cex=c(0.7))

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下一步，一些框重叠。我们可以通过编辑布局矩阵来解决这些问题。这个矩阵就是绘制节点的x，y坐标。我只是看了看矩阵，稍微调整了一下位置。

LO[1,]  = c(6.3,7.3)
LO[4,]  = c(5.4,6.7)
LO[5,]  = c(5,5.5)
LO[7,]  = c(7.4,6.8)
LO[8,]  = c(5.1,6.2)
LO[9,]  = c(5.2,8.4)
LO[10,] = c(7,8.3)

plot(network, layout=LO,  margin=-0.7, vertex.color=my_color,
    vertex.shape=c("vrectangle"), vertex.size=VS,
    vertex.label.cex=c(0.7))

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这是非常好的。还可以做更多的工作，但我认为方法是明确的，所以我将把节点的任何额外的美学调整留给您。

现在，您需要调整背景颜色，以完成此操作。可以通过使用par设置bg来执行此操作(在打印之前)。最终版本是：

par(bg="lightblue1")
plot(network, layout=LO,  margin=-0.7, vertex.color=my_color,
    vertex.shape=c("vrectangle"), vertex.size=VS,
    vertex.label.cex=c(0.7))

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