如何在scanpy中更改字体大小

Question

我正在使用scanpy生成点图，无法更改字体大小。有没有办法做到这一点？

例如，我该如何编辑这行代码？

sc.pl.dotplot(df, ["gene"], 'CellType', dendrogram=True, save = name)

Answer 1

IIRC，scanpy只是在幕后使用matplotlib，所以有几个选项：

您可以全局设置字体大小：

import matplotlib.pyplot as plt
plt.rcParams.update({'font.size': 'large'})

您只能专门更新(全部)轴标签的字体大小：

plt.rcParams.update({'axes.labelsize' : 'large'}) 
plt.rcParams.update({'axes.xtick.labelsize' : 'large'})   
plt.rcParams.update({'axes.ytick.labelsize' : 'large'})    

最后，如果您拥有轴的句柄，则可以通过遍历轴属性来更改标签的字体大小：

dp_object = sc.pl.dotplot(df,  ["gene"], 'CellType', dendrogram=True,  save = name)
axes_dict = dp_object.get_axes()
# figure out which axis you want by printing the axes_dict
# print(axes_dict)
ax = axes_dict[...]
ax.xaxis.label.set_fontsize(22)
for label in ax.get_xticklabels():
    label.set_fontsize('large')

Answer 2

事实证明，您可以使用scanpy直接使用以下代码来完成此操作：

sc.set_figure_params(scanpy=True, fontsize=14)

但是，我仍然不确定如何具体地更改y轴。