在R中的同一条形图上绘制多个变量

Question

我真的很感谢在这个情节上的一些帮助。我对R非常陌生，并且努力(在看了很多教程之后！)来理解如何绘制以下内容：

这是我的表The X axis is meant to have PatientID, the Y is cell counts for each patient

我已经设法为每个变量分别绘制了一个基本的图，例如：

This is for 2 of the variables

这给了我两个独立的图Total cell counts Cells counts for zone 1

我希望每个患者的所有数据都在1个graph...That均值上表示，将有4个条形(tot细胞计数和每个区域的细胞计数(1 - 3) )。

我不明白我是应该把它作为一个组合图来做，还是把这4个不同的图组合在一起？我也很困惑如何对此进行实际编码。我已经尝试过ggplot，并且我已经在R中完成了常规的Barplot (一次只能处理一个变量，但不确定如何处理多个变量)。在这里，一些非常循序渐进的帮助将非常受欢迎。提亚

Answer 1

以下是使用tidyverse中的ggplot2和tidyr包完成此操作的一种方法。关键步骤是将您的数据从“宽”格式转换为“长”格式，以使其可用于ggplot2。之后，ggplot调用非常简单-如果你想在ggplot2中获得更多关于堆叠和条形图的解释，可以使用一个与你的例子几乎相同的例子来了解更多的信息here。

library(ggplot2)
library(tidyr)

# Reproducing your data
dat <- tibble(
  patientID = c("a", "b", "c"),
  tot_cells = c(2773, 3348, 4023),
  tot_cells_zone1 = c(994, 1075, 1446),
  tot_cells_zone2 = c(1141, 1254, 1349),
  tot_cells_zone3 = c(961, 1075, 1426)
)

to_plot <- pivot_longer(dat, cols = starts_with("tot"), names_to = "Zone", values_to = "Count")

ggplot(to_plot, aes(x = patientID, y = Count, fill = Zone)) +
  geom_bar(position="dodge", stat="identity")

输出：

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Answer 2

感谢大家的帮助。我可以把情节做得如下所示：

首先，我根据导入到R中的数据创建了一个新表：

#Make new table of patientID and tot cell count
patientID <- c("a", "b", "c")
tot_cells <- c(tot_cells_a, tot_cells_b, tot_cells_c)
tot_cells_zone1 <- c(tot_cells_a_zone1, tot_cells_b_zone1, tot_cells_c_zone1)
tot_cells_zone2 <- c(tot_cells_a_zone2, tot_cells_b_zone2, tot_cells_c_zone2)
tot_cells_zone3 <- c(tot_cells_a_zone3, tot_cells_b_zone3, tot_cells_c_zone3)
tot_cells_table <- data.frame(tot_cells, 
                          tot_cells_zone1, 
                          tot_cells_zone2, 
                          tot_cells_zone3)
rownames(tot_cells_table) <- c(patientID)

然后我这样绘制，首先将data.frame转换为矩阵：

#Plot "Total Microglia Counts per Patient"

tot_cells_matrix <- data.matrix(tot_cells_table, rownames.force = patientID)

par(mar = c(5, 4, 4, 10), 
xpd = TRUE)

barplot(t(tot_cells_table[1:3, 1:4]), 
    col = c("red", "blue", "green", "magenta"),
    main = "Total Microglia Counts per Patient", 
    xlab = "Patient ID", ylab = "Cell #",
    beside = TRUE)

legend("topright", inset = c(- 0.4, 0),
   legend = c("tot_cells", "tot_cells_zone1", 
              "tot_cells_zone2", "tot_cells_zone3"), 
   fill = c("red", "blue", "green", "magenta"))

该图如下所示：Barplot of multiple variables

再次感谢您为我指明了正确的方向！