如何在我的ggplot上绘制逻辑增长曲线

Question

我有一些数据，看起来像是逻辑增长曲线。我可以用geom_smooth在上面画一条黄土曲线，但我想要拟合一条合适的logistic曲线

data <- data.frame(conc = c(10, 1, 0.1, 0.01, 0.001, 1e-04, 1e-05, 1e-06, 1e-07, 1e-08, 
                            1e-09, 10, 1, 0.1, 0.01, 0.001, 1e-04, 1e-05, 1e-06, 1e-07, 1e-08, 
                            1e-09, 10, 1, 0.1, 0.01, 0.001, 1e-04, 1e-05, 1e-06, 1e-08, 1e-09, 
                            10, 1, 0.1, 0.01, 0.001, 1e-04, 1e-05, 1e-06, 1e-08, 1e-09, 1e-10),
                   value = c(22832, 26910, 9303, 4128, 521, 44, 64, 31, 50, 39, 284, 19993, 
                             24205, 9230, 4030, 447, 42, 51, 175, 38, 35, 161, 23072, 27382, 
                             7036, 2416, 320, 58, 30, 37, 40, 110, 26630, 28568, 6262, 2854, 
                             314, 102, 50, 39, 34, 77, 30))
ggplot(data, aes(x=conc, y=value)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  scale_x_continuous(trans = 'log10')

我已经仔细阅读并尝试了以下内容：

stat_smooth(method="glm"，method.args=list(family=“二项式”)，se=FALSE)`

但是我一直收到这个错误：

geom_smooth()` using formula 'y ~ x'
Warning message:
Computation failed in `stat_smooth()`:
y values must be 0 <= y <= 1

我的目标是这样的：

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Answer 1

就像这样？

ggplot(data, aes(x=conc, y=value/max(value))) +
  geom_point() +
  # geom_smooth() +
  # scale_x_continuous(trans = 'log10')
  stat_smooth(formula = "y ~ x", method = "glm", 
              method.args = list(family="quasibinomial"), se = T) +
  scale_y_continuous(labels = function(x) x * max(data$value))

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Answer 2

要拟合四参数逻辑曲线，您可以执行以下操作：

library(ggplot2)
library(nlme)

ggplot(data, aes(x=conc, y=value)) +
  geom_point() +
  geom_smooth(
    method = "nls", formula = y ~ SSfpl(log(x), A, B, xmid, scal),
    se = FALSE
  ) 

但是你的数据有一个奇异的梯度，因此产生了一个错误。如果符合value的对数，则此方法有效

ggplot(data, aes(x=conc, y=log(value))) +
  geom_point() +
  geom_smooth(
    method = "nls", formula = y ~ SSfpl(log(x), A, B, xmid, scal),
    se = FALSE
  )