使用R中的Vegan包计算完整数据集上的Gamma多样性

Question

我有一些数据集，我想要计算其伽马多样性作为香农H指数。

示例数据集：

Site    SpecA   SpecB  SpecC
1       4        0     0
2       3        2     4
3       1        1     1

计算alpha分集的方法如下：

vegan::diversity(df, index = "shannon")

但是，我希望此diversity函数为整个数据集计算一个数字，而不是为每一行计算一个数字。我不能理解这件事。我的想法是，我需要编写一个函数，将所有列合并为一个列，并获取每个物种的平均丰度，从而创建一个包含所有物种信息的一个站点的数据框架：

site  SpecA   SpecB  SpecC
1     2.6     1      1.6 

这看起来像是一个巨大的变通方法，可以用一些现有的函数来完成，但我不知道怎么做。我希望有人能帮助创建这个数据帧，或者使用其他方法在完整的数据帧上使用diversity()函数。

问候

Answer 1

library(vegan)
data(BCI)
diversity(colSums(BCI)) # vector of sums is all you need
## vegan 2.6-0 in github has 'groups' argument for sampling units
diversity(BCI, groups = rep(1, nrow(BCI))) # one group, same result as above
diversity(BCI, groups = "a") # arg 'groups' recycled: same result as above