从scipy.cluster.hierarchy.dendrogram上获得高度

Question

我需要从树状图中获得节点的高度，我的计划是使用dcoord/icoord，但物理上考虑的是结果图中的高度和相应的二维数组中的值。

根据this post的说法，dcoord和icoord反映了树中节点的坐标。在scipy.cluster.hierarchy.dendrogram documentation中，icoord/dcoord的含义相当模糊。所以我不能追溯到底发生了什么

将会非常感谢你的见解

import numpy as np
import pandas as pd
from scipy.cluster import hierarchy
import matplotlib.pyplot as plt

data = [[24, 16], [13, 4], [24, 11], [34, 18], [41, 
6], [35, 13]]
frame = pd.DataFrame(np.array(data),
                     columns=["a", "b"],
                     index=["Atlanta", "Boston", "Chicago", "Dallas", "Denver", "Detroit"])

Z = hierarchy.linkage(frame, 'single')
plt.figure()
dn = hierarchy.dendrogram(Z, labels=frame.index)

高度大概是15，10，9，5，但是我想让python给我这个数组，而不是让我看它。

Answer 1

您可以从dn['dcoord']中列表的第二个或第三个元素中提取该信息。

在这里，我已经运行了你的脚本。Y坐标取自dn['dcoord']中每个列表的索引1

In [190]: [y[1] for y in dn['dcoord']]
Out[190]: 
[5.0,
 5.0990195135927845,
 9.219544457292887,
 10.198039027185569,
 13.038404810405298]

正如我在评论中指出的那样，您可以看到这些数据被用来增强this answer中的树状图。