在R?中使用ggplot2导出带有边框的pdf图像？

Question

所以我有这个问题，当我导出某种类型的绘图的pdf时，绘图是用边界绘制的。例如，如果我像这样创建一个图：

library(reshape)
library(ggplot2)
library(ggnewscale)

# Create matrix
set.seed(1701)
a <- sample(1:10,100, replace=TRUE)
s <- matrix(a, nrow = 5, ncol=5)
s[upper.tri(s)] = t(s)[upper.tri(s)]
rownames(s) <- colnames(s) <- paste0("x", 1:5)
diag(s) <- 0
sDf <- melt(s)

# create diagonal values
diagDf <- data.frame(
  var1 = c(paste0("x", 1:5)),
  var2 = c(paste0("x", 1:5)),
  val = c(2,5,3,1,5)
)
colPal <- rev(colorspace::sequential_hcl(palette = "Blues 3", n = 100))
colPal2 <- rev(colorspace::sequential_hcl(palette = "Reds 3", n = 100)) 

# make plot
ggplot(sDf, aes(X1,X2)) + 
  geom_tile(aes(fill = value)) +
  scale_fill_gradientn(colors = colPal) +
  new_scale_fill() +
  geom_tile(data = diagDf, aes(var1, var2, fill = val),  color = "black",
            size = 0) +
  scale_fill_gradientn(colors = colPal2) +
  theme(aspect.ratio = 1) 

这将在我的绘图窗口中生成如下所示的绘图：

​

但是，如果我导出图像的pdf，它会在对角线周围绘制一个黑色边框，如下所示：

​

现在，我意识到这一定与台词有关：

 geom_tile(data = diagDf, aes(var1, var2, fill = val),  color = "black",
            size = 0)

具体地说，color = "black", size = 0。我希望在代码中保留这一行，以允许用户通过控制边界的size的函数参数来打开和关闭边界。因此，例如，在一个更大的函数中，我会有如下内容

if(border){
    lineSize <- 0.2
  }else{
    lineSize <- 0
  }

并设置size = lineSize。这个想法是，当lineSize = 0然后size将等于零，然后将以零大小绘制线条(这实际上应该与根本不绘制线条相同)。

这在RStudio的绘图窗口中有效...但是当我用size = 0导出pdf时，黑色边框被绘制在pdf上。如果我导出PNG，就不会发生这种情况。

你知道这是怎么回事吗？我正在使用MacBook专业版(如果这很重要？！)

Answer 1

首先创建不带边框的绘图：

p <- ggplot(sDf, aes(Var1,Var2)) + 
  geom_tile(aes(fill = value)) +
  scale_fill_gradientn(colors = colPal) +
  new_scale_fill() +
  geom_tile(data = diagDf, aes(var1, var2, fill = val)) +
  scale_fill_gradientn(colors = colPal2) +
  theme(aspect.ratio = 1) 

​

​

然后，如果用户要求，您可以修改边框颜色/大小：

if (border) {
  p$layers[[2]]$aes_params$colour = 'black'
  p$layers[[2]]$aes_params$size = 0.2
}

​

​

Answer 2

你有没有试过玩你的ggplot末尾的页边距？

theme(plot.margin = unit(c(2,2,2,2), "cm"))

每个页边距的规则如下:单位(上、右、下、左)

示例：

pdf(file = "example2.pdf")

ggplot(mpg, aes(displ, hwy, colour = class)) + 
geom_point() +
theme(plot.margin = unit(c(2,2,2,2), "cm"))

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