我目前正在开发一个程序,该程序要求我读取DICOM文件并正确显示它们。从DICOM文件中提取像素数组后,我通过matplotlib和cv2中的imshow函数运行它。令我惊讶的是,它们都产生了截然不同的图像。一个有颜色,而另一个没有,并且一个比另一个显示更多的细节。我不明白为什么会发生这样的事情。我找到了Difference between plt.show and cv2.imshow?,并尝试将像素转换为BRG,而不是cv2使用的RGB,但这并没有改变什么。我想知道为什么这两个框架显示相同的像素缓冲区如此不同。下面是我的代码和显示结果的图像
import cv2
import os
import pydicom
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
inputdir = 'datasets/dicom/98890234/20030505/CT/CT2/'
outdir = 'datasets/dicom/pngs/'
test_list = [ f for f in os.listdir(inputdir)]
for f in test_list[:1]: # remove "[:10]" to convert all images
ds = pydicom.dcmread(inputdir + f)
img = np.array(ds.pixel_array, dtype = np.uint8) # get image array
rows,cols = img.shape
cannyImg = cv2.Canny(img, cols, rows)
cv2.imshow('thing',cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BRG2RBG))
cv2.imshow('thingCanny', cannyImg)
plt.imshow(ds.pixel_array)
plt.show()
cv2.waitKey()

发布于 2019-09-23 22:08:15
没有答案,但评论太长了。我认为问题的根本原因在于数组的初始化:
img = np.array(ds.pixel_array, dtype = np.uint8)uint8大概不是您在DICOM文件中所拥有的。首先是因为它看起来像CT图像,通常存储在10+ bpp中;其次是因为您面临的工件对我来说非常熟悉。如果>8位的像素数据被解释为8位,则通常会出现此类伪影(以黑色显示的密集骨骼,渐变效果)。
顺便说一句:对我来说,这两种渲染看起来都不正确。
抱歉,我不是python专家,只能说出哪里出了问题,却不能说出如何正确解决问题。
发布于 2019-09-22 00:46:24
https://stackoverflow.com/questions/58042116
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