在Cytoscape上将GOslim输入到ClueGO中
在Cytoscape上将GOslim输入到ClueGO中
提问于 2020-09-23 05:44:27
我正在尝试将GOslim本体放入Cytoscape上的ClueGO中来分析我的数据。我已经找到了可以导入本体和基于本体的数据库(http://geneontology.org/docs/download-ontology/)的位置；但是，OBO文件(描述为Cytoscape需要的文件)是不可下载的。有没有不同的方式将本体放入Cytoscape？或者从不同的数据库下载本体？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-09-23 22:57:53
ClueGo本身包含最新的、更新的和手动注释的公共数据库，您可以选择这些数据库作为选项(带有更新链接的复选框)。可以通过clueGo查询的著名公共数据库是基因本体论(GO -包含生物过程、细胞位置和分子模块等子组)、反应组(用于分子、免疫途径和化学过程)、KEGG和WikiPathways。所有这些都将为您提供与DAVID和GoSlim相同的优势。
ClueGo和team提供的另一个补充是相互作用的结合伙伴(或PPI)，以可视化为分子/免疫途径中的子图。这是一个叫cluepedia的插件，如果可能的话，你应该去看看！
最好的
Aks
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/64018088
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号