如何在R中的多个变量上运行Kruskal和post？

Question

请原谅，如果我没有正确地格式我的代码，因为我是新来的网站。我也不知道如何正确地提供样本数据。

我有42个obs的数据集。和37个变量(第一列是组，3组)的非正态分布数据；我想在3组之间比较我的所有36个参数，并进行后续的后期处理(pairwise.wilcox?)。

这些数据是三个不同患者组的流式细胞计数。我已经能够执行初始比较，创建公式并运行aov (尽管我想做Kruskal)，但还没有找到以相同方式对所有变量执行post操作的方法。

#Data
    Type   Neutrophils  Monocytes   NKC .....
    ------------------------------------------
    IN       546          2663      545
    IN       0797         7979      008
    OUT      0899         3899      345
    OUT      6868         44533     689
    HC       9898         43443     563


#Cbind all variable together to run model on all
    formula <- as.formula(paste0("cbind(", paste(names(LessCount)[-1], 
       collapse = ","), ") ~ Type"))
    print(formula)

#Run test on model
    fit <- aov(formula, data=LessCount)

#Print results
    summary(fit)

 Response Neutrophils :
            Df    Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
Type         2  18173966 9086983  1.8099 0.1771
Residuals   39 195806220 5020672               

 Response Monocytes :
            Df   Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
Type         2   694945  347472  0.7131 0.4964
Residuals   39 19004809  487303               

 Response Mono.Classic :
            Df   Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)  
Type         2  1561778  780889  2.5842 0.08833 .
Residuals   39 11785116  302182  

###export anova####
    capture.output(summary(fit),file="test1.csv")

#If Significant,Check which# (currently doing by hand individually)
    pairwise.wilcox.test(LessCount$pDCs, LessCount$Type,
                     p.adjust.method = "BH")

我在控制台中得到了每个变量的aov结果表，但我想对post执行同样的操作，因为我需要每个p值。

提前谢谢你。

Answer 1

也许您可以直接使用函数kruskal.test()并获取p.values。

下面是一个虹膜数据集的示例。我使用apply()函数是为了将kruskal.test函数应用于每个变量(物种除外，它是包含组信息的变量)。

data(iris)
apply(iris[-5], 2, function(x) kruskal.test(x = x, g = iris$Species)$p.value)

# Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width 
# 8.918734e-22 1.569282e-14 4.803974e-29 3.261796e-29