生成小配体的构象，但保持正确的芳香性

Question

我正在尝试为一些小分子配体生成构象，最终与之进行对接。我使用RDkit的EmbedMultipleConfs函数生成了一致性。然而，当随后目测PyMol中的构象时，我注意到RDKit没有为芳香部分保留正确的角度。例如，在我的一个带有苯基团的配体中，它没有保持这个基团的平面性，而是给这个苯基团分配了随机的角度，就好像它是环己烷一样。

当只是加载分子时，芳香性似乎没有问题。

有没有办法解决这个问题？

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生成一致性的代码的一部分：

def gen_conformers(ligandpdb, structure):
    """Generates 100 conformers for crystal ligand"""

    mol=Chem.MolFromPDBFile(ligandpdb, removeHs=True, sanitize=True)
    conf_ids=AllChem.EmbedMultipleConfs(mol, 100, numThreads=0, clearConfs=True)

Answer 1

我相信您的问题可能是您正在读取PDB文件中的输入。PDB文件不包含小分子的键级。最好的办法是从模板分子中指定正确的键级，如下所示：

smiles = 'c1ccccc1'  # benzene (replace with the SMILES for your molecule)
template = Chem.MolFromSmiles(smiles)

# Read molecule from PDB file
mol = Chem.MolFromPDBFile(ligandpdb, removeHs=True, sanitize=True)

# Assign bond orders from template
new_mol = AllChem.AssignBondOrdersFromTemplate(template, mol)

此外，当生成构象时，将氢添加到您的分子中也是一个好主意。