在GAM上挖掘将返回logLik、AICc、增量和权重的NA结果

Question

我有一个全局moel，有两个平滑的项和两个随机效果。

mRI_qb <- gam(ri ~ SE_score + s(deg, k=7) + s(gs, k=7) + TL + species + sex + season + year + 
                s(code, bs = 're') + s(station, bs = 're'), 
              family=quasibinomial(), data=node_dat, na.action = "na.fail")

我在MuMIn上运行了dredge函数，速度非常慢，即使使用pdredge函数也是如此。

# RI dredge very slow so using parallel processing
library (parallel)
library (snow)

#make cluster - use 5 because have 6 cores, need one for other tasks
mycluster = makeCluster(5, type = "SOCK")  ## also need snow installed

#data must exported to the cluster - see 'details' https://rdrr.io/cran/MuMIn/man/pdredge.html
clusterExport(mycluster,"node_dat")

#required packages must be also loaded there
clusterEvalQ(mycluster, library(mgcv))
RI_dredge <- MuMIn::pdredge(mRI_qb, mycluster)

然而，8天后，它终于完成了。然而，我只有logLik、AICc、delta和weight列的NAs。

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我似乎找不到为什么疏导器会为这些列输出NAs，特别是在模型运行得很好而没有错误的情况下。

数据集的副本可在here中找到

Answer 1

这是因为您使用的是quasibinomial系列，它不提供对数似然，因此无法计算AIC。您可以尝试使用bam而不是gam，因为这是一个非常大的数据集。