如何从BioAlignments.jl对齐中检索对齐区域的序列索引？

Question

我想访问从BioAlignments.jl中的Julia pairalign函数返回的比对数据的索引，以了解在原始序列的上下文中比对发生在哪里。

using BioAlignments
using BioSequences
scoremodel = AffineGapScoreModel(EDNAFULL, gap_open=-5, gap_extend=-1);
my_alignment = pairalign(LocalAlignment(),dna"ATATTAGGTATTGATTATTGTACGCGGCCCGGC" , dna"TTGATTATTGT", scoremodel)
alignment(my_alignment)

例如，像这样的脚本将输出一个alignment对象，我可以通过score()函数从该对象访问分数。但是，我希望知道在我提供作为输入的原始序列中，比对发生在哪里，并知道如何调用存储此索引的变量。在文档中似乎找不到这一点。

Answer 1

虽然我不使用这些库，但在Julia中解决这类问题的方法之一是dump这样的对象，结果是可以找到所需信息的位置。

julia> dump(alignment(my_alignment))
PairwiseAlignment{LongSequence{DNAAlphabet{4}},LongSequence{DNAAlphabet{4}}}
  a: AlignedSequence{LongSequence{DNAAlphabet{4}}}
    seq: LongSequence{DNAAlphabet{4}}
      data: Array{UInt64}((3,)) UInt64[0x8814881844188181, 0x4422244242184881, 0x0000000000000002]
      part: UnitRange{Int64}
        start: Int64 1
        stop: Int64 33
      shared: Bool false
    aln: Alignment
      anchors: Array{AlignmentAnchor}((2,))
        1: AlignmentAnchor
          seqpos: Int64 10
          refpos: Int64 0
          op: Operation OP_START
        2: AlignmentAnchor
          seqpos: Int64 21
          refpos: Int64 11
          op: Operation OP_SEQ_MATCH
      firstref: Int64 1
      lastref: Int64 11
  b: LongSequence{DNAAlphabet{4}}
    data: Array{UInt64}((1,)) UInt64[0x0000084881881488]
    part: UnitRange{Int64}
      start: Int64 1
      stop: Int64 11
    shared: Bool false

现在你可以看到你需要的信息在哪里：

julia> alignment(my_alignment).a.aln.anchors
2-element Array{AlignmentAnchor,1}:
 AlignmentAnchor(10, 0, '0')
 AlignmentAnchor(21, 11, '=')

这种方法的缺点是，数据结构通常不是库API的一部分，并且可能会随着时间的推移而随着新包的发布而变化。