在R中使用Bonferroni过程时，LSD值为null

Question

在使用Bonferroni的程序时，我在寻找LSD的值时遇到了一个问题。它返回NULL，你能帮我解决这个问题吗？非常感谢。

library(agricolae)

# Input the treatments and responses
trt <- c(rep("P", 4), rep("T", 4), rep("S", 4), rep("E", 4), rep("C",4))
response <- c(29.6, 24.3, 28.5, 32, 27.3, 32.6, 30.8, 34.8, 5.8, 6.2, 11, 8.3, 
             21.6, 17.4, 18.3, 19, 29.2, 32.8, 25, 24.2)
trt <- as.factor(trt)

df <- data.frame(trt, response)
model <- aov(response ~ trt, data = df)
out <- LSD.test(model, "trt", p.adj = "bonferroni")
out

# Obtain the LSD value
out$statistics$LSD

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Answer 1

不幸的是，它并没有很好的文档记录。您可以检查code for LSD.test，然后您就拥有了：

   if (length(nr) == 1 & p.adj == "none") 
        statistics <- data.frame(statistics, t.value = Tprob, 
            LSD = LSD)
    if (length(nr) == 1 & p.adj != "none") 
        statistics <- data.frame(statistics, t.value = Tprob, 
            MSD = LSD)

因此，当您的p.adjust不是"none"时，它会将列名改为MSD，这意味着最小的显著差异。您也可以切换到控制台(选项console =TRUE)来查看这一点。