构建2*2*2列联表时遇到问题

Question

文件"Aspirin“包含一个2×2×2的列联表，其列定义如下。

第1列: V1=Observation编号。观察1至8。

第2列: V2=Count。表中每个单元格的非负整数计数。

第3列:V3=案例/控制因素。因子水平1(对照)和水平2(病例)。

第4列: V4=Ulcer类型因素。因子水平1(胃)和水平2(十二指肠)。

第5列: V5=Aspirin使用系数。因子级别1(非用户)和级别2(用户)。

> aspirin
  V1 V2 V3 V4 V5
1  1 62  1  1  1
2  2 39  2  1  1
3  3 53  1  2  1
4  4 49  2  2  1
5  5  6  1  1  2
6  6 25  2  1  2
7  7  8  1  2  2
8  8  8  2  2  2

​

我想构建一个2x2x2的列联表，就像上面的R中的图像，所以我输入了以下代码：

case_control=factor(aspirin$V3)
ulcer=factor(aspirin$V4)
use=factor(aspirin$V5)
table(case_control,ulcer,use)

但我得到的东西是这样的：

, , use = 1

            ulcer
case_control 1 2
           1 1 1
           2 1 1

, , use = 2

            ulcer
case_control 1 2
           1 1 1
           2 1 1

我想要一个有计数的列联表，所以很明显上面的结果不是我想要的。有没有办法解决这个问题？

Answer 1

在您的示例中，只需使用

ftable(case_control,ulcer,use)

它返回一个“扁平表”

                   use 1 2
case_control ulcer        
1            1         1 1
             2         1 1
2            1         1 1
             2         1 1

这里的主要问题是，您正在丢弃count列。因此，作为替代，这里有一种-在我看来-更好的方法:你可以将xtabs和ftable() (这里用在dplyr管道中)一起使用：

library(dplyr)

df %>% 
  transmute(ID = V1,
            Count = V2,
            Case_Control = factor(V3,
                                  labels = c("Control", "Case")),
            Ulcer_Type = factor(V4,
                                labels = c("Gastric", "Duodenal")),
            Aspirin_Use = factor(V5,
                                 labels = c("Non-User", "User"))) %>% 
  xtabs(Count ~ Ulcer_Type + Case_Control + Aspirin_Use, data = .) %>% 
  ftable()

这将返回

                        Aspirin_Use Non-User User
Ulcer_Type Case_Control                          
Gastric    Control                        62    6
           Case                           39   25
Duodenal   Control                        53    8
           Case                           49    8

数据

df <- structure(list(V1 = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8), V2 = c(62, 39, 
53, 49, 6, 25, 8, 8), V3 = c(1, 2, 1, 2, 1, 2, 1, 2), V4 = c(1, 
1, 2, 2, 1, 1, 2, 2), V5 = c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2)), row.names = c(NA, 
-8L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))