问果蝇基因符号到人类基因符号的ID转换
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Stack Overflow用户

提问于 2021-01-23 00:06:45

回答 1查看 52关注 0票数 1

我正在寻找一种R解决方案(或通用逻辑解决方案)来将果蝇的黑腹果蝇基因ids转换为智人的基因ids。由于BiomaRt数据集的不断变化的性质，以及它对互联网连接和服务器状态的依赖，使用R/BiomaRt是有问题的。

基因ids是FlyBase格式的，但我也有人类友好的基因符号，例如

FBgn0259938 cwo
FBgn0036285 toe
FBgn0264490 Eip93F
FBgn0034903 sona

有什么想法吗？谢谢!

bioinformatics

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2021-01-23 00:08:34

我认为您可以使用DIOPT表，该表定期更新，并且还具有每个FlyBase的DIOPT值：ftp://ftp.flybase.net/releases/current/precomputed_files/orthologs/dmel_human_orthologs_disease_fb_2020_06.tsv.gz

票数 4

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/65848648

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