旧的R代码现在给出了一个错误：`vars`必须是一个字符向量

Question

我正在重新运行两年前的代码，它使用一个已经弃用的软件包tcR软件来执行T细胞受体/免疫球蛋白的谱系分析。

当我调用一个计算两个曲目之间的morisita相似性指数的函数时，我面临着一个问题(之前的代码工作得很好)：这里我使用单个T细胞受体序列及其频率的数据集的列表来计算Morisita相异指数。

> repOverlap(list, 'morisita', 'nuc', .norm = F, .verbose = F)
Error: `vars` must be a character vector.
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
> rlang::last_error()
<error/rlang_error>
`vars` must be a character vector.
Backtrace:
 1. tcR::repOverlap(l, "morisita", "nuc", .norm = F, .verbose = F)
 4. dplyr::grouped_df(...)
Run `rlang::last_trace()` to see the full context.
> rlang::last_trace()
<error/rlang_error>
`vars` must be a character vector.
Backtrace:
    x
 1. \-tcR::repOverlap(l, "morisita", "nuc", .norm = F, .verbose = F)
 2.   +-base::as.data.frame(...)
 3.   +-dplyr::summarise(...)
 4.   \-dplyr::grouped_df(...)

我有一种感觉，那一定是因为与我上次使用代码以来更新的包不兼容，但经过大量的谷歌搜索和尝试更新/重新安装东西，这个问题不会得到解决。

有没有人有主意？如果它有帮助，这里是上面提到的tcR包的repOverlap函数的路径：https://rdrr.io/cran/tcR/src/R/repoverlap.R (和https://rdrr.io/cran/tcR/src/R/measures.R用于morisita函数)和会话信息：

sessionInfo()
R version 3.5.3 (2019-03-11)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252  LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252    LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252
[4] LC_NUMERIC=C                            LC_TIME=English_United Kingdom.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] tcR_2.2.4      igraph_1.2.4   reshape2_1.4.3 gridExtra_2.3  dplyr_1.0.7    ggplot2_3.1.0 

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.1         ggpubr_0.2         pillar_1.6.1       compiler_3.5.3     plyr_1.8.4         tools_3.5.3       
 [7] lifecycle_1.0.0    tibble_3.1.3       gtable_0.3.0       pkgconfig_2.0.2    rlang_0.4.11       DBI_1.0.0         
[13] rstudioapi_0.10    yaml_2.2.0         parallel_3.5.3     withr_2.1.2        stringr_1.4.0      generics_0.0.2    
[19] vctrs_0.3.8        grid_3.5.3         tidyselect_1.1.1   data.table_1.14.0  glue_1.4.2         R6_2.4.0          
[25] fansi_0.4.0        purrr_0.3.2        magrittr_1.5       scales_1.0.0       ellipsis_0.3.2     stringdist_0.9.5.2
[31] assertthat_0.2.1   colorspace_1.4-1   utf8_1.1.4         stringi_1.4.3      lazyeval_0.2.2     munsell_0.5.0     
[37] crayon_1.3.4

Answer 1

问题所在

这个错误似乎是在repoverlap.R#136中抛出的，乍一看没有任何意义。但是，查看您的sessionInfo()会发现tcR包已经过时了。有一个change in 2.3修改了这部分代码

## version 2.2.4
grouped_df(
  data.frame(...),
  vars = list(as.name("Sequence"))
)

在grouped_df()的vars参数中使用字符(而不是名称)。

## version 2.3, Jun 7 2020 
grouped_df(
  data.frame(...),
  vars = "Sequence"
)

旧版本将抛出问题中提到的完全相同的错误消息

dplyr::grouped_df(mtcars, list(as.name("am")))
#> Error: `vars` must be a character vector.
packageVersion("dplyr")
#> [1] ‘1.0.5’

修复方法

tcR已经不在CRAN上了，但我建议你从github更新包，看看问题是否仍然存在。

remotes::install_github("imminfo/tcr")

或者，您可以切换到“后继包”immunarch，它在CRAN上并仍在维护。有关更多详细信息，请参阅imminfo/tcr/README.md。

怎么会出这事？

我在这里猜测，但将重新制定这一部分，一旦修复被确认。

基本上，dplyr最近的一些变化打破了tcR 2.2.4中的逻辑。tcR在2.3中修复了此问题。您可能运行了update.packages()，它更新了dplyr，但没有更新tcR，因为tcR不再位于CRAN上。因此，这两个包版本不再兼容。