Biopython PDB -查找RNA链

Question

我正在使用Biopython的PDBParser模块来读取PDB文件。我需要找出哪些模型/链属于RNA链。有什么简单的方法可以做到这一点吗？

Answer 1

这里我尝试使用RCS_PDB存储库中的pdb文件[1b7f.pdb][1]

https://www.rcsb.org/structure/1B7F：

from Bio.PDB import PDBParser


parser=PDBParser(QUIET=True)


structure_1 = parser.get_structure('test', '1b7f.pdb')



pippo = ['  A','  C','  G','  U','  I']

for model in structure_1:
    for chain in model:
        for residue in chain:
            if residue.get_resname() in pippo:
                    print("'"+residue.get_resname()+"'",  ' --->   model : ', model , '  chain : ', chain) 

输出：

'  G'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  G'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  G'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  G'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>

由于核糖核酸A，C，G，U，I https://pdb101.rcsb.org/learn/guide-to-understanding-pdb-data/primary-sequences-and-the-pdb-format的残基名称，花费了很长时间

对于pdb格式，实际上是‘A’(注意字母A前的空格)，依此类推...