如何指定带相对路径的snakemake包装器？

Question

我正在尝试使用我在管道目录(与Snakefile相同的目录)中定义的一些包装器，而不是包装器代码库。

我已经查看了相关文档，当我使用绝对路径时，它工作得很好，但我无法获得相对路径。https://snakemake.readthedocs.io/en/latest/snakefiles/modularization.html#wrappers

例如，通过绝对路径指定，有效

wrapper:
    "file:///Users/my_username/my_pipeline_dir/wrappers/wrapper_star-build/"

例如，通过相对路径指定，不起作用

wrapper:
   "file:/wrappers/wrapper_star-build/"

这是我根据文档对相对路径格式的解释。我还尝试了以下所有方法，但都不适用于我：

"file:wrappers/wrapper_star-build/"
"file:./wrappers/wrapper_star-build/"
"wrappers/wrapper_star-build/"

我使用了--directory选项，这样我就可以将流水线和输出分别组织起来。

snakemake --directory my_outdir/

提前谢谢。

Answer 1

显然，我们可以访问workflow.snakefile和workflow.basedir变量。https://groups.google.com/forum/#!msg/snakemake/cp9ZbGQgaic/Vtth6fcRO6cJ

workflow.basedir是snakefile所在的目录。

snake_dir = workflow.basedir
......
wrapper:
    f"file:{snake_dir}/wrappers/wrapper_kallisto"

Answer 2

像这样的东西可以工作吗？

import os
dir_path = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))

rule star_build:
    ...
    wrapper:
        f"file:{dir_path}/wrappers/wrapper_star-build/"

这样，我们将路径添加到相对路径的前面。