python中模型路径上的3D切片器视口旋转

Question

我不确定这里是否有3D Slicer开发人员可以提供帮助，但我认为值得一试。我正在开发一个基于内窥镜模块的扩展。内窥镜模块从一组基准点创建路径模型。我正在使用这个路径模型来设置一个垂直于它所遵循的路径的平面视图，然后在其中一个视口中显示该视图。

问题是，有时视图上的平面围绕平面法线(或路径平行)随机旋转，我不确定如何固定，因此方向是静态的。请参阅附件中执行此呈现的算法的代码片段和该问题的屏幕截图。

def reslice_on_path(self, p0, pN, orientation='normal'):
  fx=np.poly1d(np.polyfit([p0[0],pN[0]],[p0[1],pN[1]], 1))
  fdx = np.polyder(fx)
  normal_line = lambda x: (-1/fdx(p0[0]))*(x-p0[0])+p0[1]
  t=np.array([p0[0]+0.00001,normal_line(p0[0]+0.00001),p0[2]], dtype='f')
  t=t-p0
  n=pN-p0
  t.astype(float)
  n.astype(float)
  p0.astype(float)
  sliceNode = slicer.mrmlScene.GetNodeByID("vtkMRMLSliceNodeGreen")
  if orientation == 'normal': orientation = 0
  elif orientation == 'tangent': orientation = 1
  sliceNode.SetSliceToRASByNTP(n[0], n[1], n[2], t[0], t[1], t[2], p0[0], p0[1], p0[2], orientation)
  sliceNode.Modified()

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Answer 1

在库中有一个用于jupyper笔记本的Volume Slicer选项。

https://plot.ly/python/visualizing-mri-volume-slices/

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Answer 2

最有可能的问题是，计算曲线法线方向的方式是，当曲线切线方向在某些方向范围之间过渡时，曲线法线方向会翻转。

在3D切片器的最新版本中，有一个专用的曲线节点(vtkMRMLMarkupsCurveNode)，它基于Frenet-Serret框架提供一致、平滑更改的曲线切线和法线方向。您可以使用这些说明进行卷重新许可。请参阅详细信息in this post。