如何修复R中的'gcc:错误："/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a"：没有这样的文件或目录‘

Question

我正在尝试在R:中安装minfi：

BiocManager::install("minfi")

但是在编译HDF5Array的过程中，安装会停止，并出现以下错误：

gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a": No such file or 
directory
gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libsz.a": No such file or 
directory
make: *** [HDF5Array.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘HDF5Array’

我已经安装了rhdf5和Rhdf5lib包，而且文件R“看不到”实际上存在于它应该“搜索”它们的确切目录(/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/)中。

ls /usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/
libhdf5.a  libhdf5_cpp.a  libsz.a

我的R版本是3.6.0，我的GCC版本是4.8.5 20150623 (RedHat4.8.5-39)，我的CentOS发行版是7.6.1810

如果有任何建议，我将不胜感激。

谢谢。

Answer 1

我也遇到了同样的问题。http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/HDF5Array/提到"HDF5Array(1.12.2)“安装失败。因此，请等待改进。

有一种方法:安装一个旧版本的"HDF5Array“。

url<-"https://bioconductor.org/packages/3.8/bioc/src/contrib/HDF5Array_1.10.1.tar.gz"
install.packages(url,repos=NULL,type="source")
BiocManager::install("minfi")