使用列表理解python实现终止密码子的翻译和使用

Question

我正在试着写一个关于开放阅读框架的函数，只使用一个只有终止密码子的字典。程序一次接受三个字母，如果这三个字母是停止密码子之一，则程序停止并计算字母数(停止密码子不计算，之后也不计算)。例如，nextStop2('AAAAAAAGTGGGTGCTAGGTTGGC')应该返回15。有人能给我一些关于如何改进的建议吗？谢谢!

def nextStop2(Seq):
    GeneticCodeStop = {'TAA':'X', 'TAG':'X', 'TGA':'X'}
    seq2 = ''.join(end_of_loop() if GeneticCodeStop[i]=='X' else i for i in Seq)
    return len((seq2)/3)

Answer 1

你应该写len(seq2)/3，但是你不想被3整除(你期望的是15而不是5)，所以只需要返回len(seq2)即可。

def nextStop2(Seq):
    GeneticCodeStop = ['TAA', 'TAG', 'TGA']
    seq2=''
    for i in range(0,len(Seq),3) :
        codon=Seq[i:i+3]
        if codon in GeneticCodeStop:
            break
        seq2+=codon
    return len(seq2)
    
print(nextStop2('AAAAAAAGTGGGTGCTAGGTTGGC') )
>>> 15

但我不知道biopython，我认为它应该有一个功能来做到这一点