使用%替换Bash字符串

Question

我有一个以此格式命名的文件列表：

S2_7-CHX-2-5_Chr5.bed
S2_7-CHX-2-13_Chr27.bed
S2_7-CHX-2-0_Chr1.bed 

我需要遍历每个文件来执行任务。以前，我给它们命名时没有使用step 2指示符("S2")，这种格式工作得很好：

for FASTQ in *_clean.bam; do
  SAMPLE=${FASTQ%_clean.bam}
  echo $SAMPLE
  echo $(samtools view -c ${SAMPLE}_clean.bam)
done

但是现在我在想要设置为变量的前面有了S2，这将返回一个空的“示例”变量列表。如何重写以下代码以仅指定S2_*.bed？

for FASTQ in S2_*.bed; do
  SAMPLE=${S2_FASTQ%.bed}
  echo $SAMPLE
done

编辑:我试图从每个文件中分离出唯一的名称，例如"7-CHX-2-13_Chr27“，这样我就可以在以后引用它。我不能使用"S2“作为其中的一部分，因为我想在下一步使用"S3”重命名该文件，依此类推。

下面是我尝试使用它的示例：

for FASTQ in S2_*.bed; do
  SAMPLE=${S2_FASTQ%.bed}
  echo $SAMPLE
  #rename each mapping position with UCSC chromosome name using sed
  while IFS=, read -r f1 f2; do
    #rename each file
    echo "  sed "s/${f1}.1/chr${f2}/g" S2_${SAMPLE}_Chr${f2}.bed > S3_${SAMPLE}_Chr${f2}.bed" >> $SCRIPT
  done < $INPUT
done

Answer 1

变量的名称仍然是$FASTQ，S2_不是变量名称的一部分，而是它的值。

sample=${FASTQ%.bed}
#        ~~~~~|~~~~
#          |  |  |
#    Variable |  What to remove
#     name    |
#           Remove
#        from the right

如果要从$sample中删除S2_，请使用左侧删除：

sample=${sample#S2_}

删除不能合并，您必须分两步进行。

请注意，我使用了小写的变量名。环境和内部shell变量应保留大写。