在GCE托管的google colab Jupyter笔记本上安装R包

Question

我正在尝试在colab上安装calendR包。

我正在使用以下内容：

install.packages("calendR")

library(calendR)

但是这个错误如下所示：

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)

also installing the dependencies ‘magick’, ‘ggimage’


Warning message in install.packages("calendR"):
“installation of package ‘magick’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("calendR"):
“installation of package ‘ggimage’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("calendR"):
“installation of package ‘calendR’ had non-zero exit status”

Error in library(calendR): there is no package called ‘calendR’
Traceback:

1. library(calendR)

有人知道怎么安装这个吗？

Answer 1

默认内核

Google colab默认使用基于ubuntu 18.04的docker容器的Python 3 Google Compute Engine后端。它是为python设计的，具有ipython内核。但是，也安装了R。要安装calendR，请创建并运行一个包含以下内容的新单元：

! add-apt-repository -y ppa:cran/imagemagick
! apt-get update
! apt-get install -y libmagick++-dev
! R -e "install.packages('calendR')"

这将执行IPython样式的外壳命令。然后，您可以在新的单元格中执行以下操作：

! R -e "library(calendR)"

IR核

Colab还可以托管其他内核，如ir for R。然后，可以使用R命令执行shell命令：

system("add-apt-repository -y ppa:cran/imagemagick")
system("apt-get update")
system("apt-get install -y libmagick++-dev")
install.packages("calendR")
library("calendR")