如何在添加矩阵值的同时组合df中的行

Question

只是停留在一些df操作上。我有一个很大的ASV矩阵，以样本为行，分类群为列。我想合并特定的行，同时添加这些行的矩阵值。

示例数据帧(代码如下)：

​

​

我想将sample-1、sample-2和sample-3彼此合并。示例4和示例5也是如此。合并后的数据集将只有两行，这两行包含前一行的值的总和。(具体地说，前三行将成为具有新ASV值的单行: ASV1=11、ASV2=14、ASV3=1、ASV4=2、ASV5=8)。

> dput(example.matrix)
structure(list(ASV1 = c(8L, 0L, 3L, 6L, 1L), ASV2 = c(1L, 4L, 
9L, 3L, 2L), ASV3 = c(1L, 0L, 0L, 1L, 1L), ASV4 = c(0L, 0L, 2L, 
3L, 0L), ASV5 = c(0L, 7L, 1L, 4L, 0L)), class = "data.frame", row.names = c("sample-1", 
"sample-2", "sample-3", "sample-4", "sample-5"))

Answer 1

我们可以使用：

library(tidyverse)
df %>%
  group_by(group = c(1,1,1,2,2)) %>%
  summarize(across(everything(), sum))

这就给出了：

# A tibble: 2 x 6
  group  ASV1  ASV2  ASV3  ASV4  ASV5
  <dbl> <int> <int> <int> <int> <int>
1     1    11    14     1     2     8
2     2     7     5     2     3     4