使用PypeR从Python内部执行R文件

Question

我目前的工作项目是编写一个Python程序，它必须在不同的方面依赖于R。因为我对R不是很了解，而且帮助我的人也不太了解Python，所以实际的R代码不在我的程序中。相反，他打开记事本，将R代码放入其中，并将其保存为(name).r。在执行时，输出被写入到一个txt文件中，然后Python可以读取该文件。

我所要做的就是让Python让R运行(name).r

我试过使用subprocess.run。这工作了一段时间，然后出于某种未知的原因停止工作，现在什么也不做。然后我尝试使用rpy2，它也工作了一段时间；但现在看起来安装坏了，我在重新安装它时遇到了麻烦。

现在我想尝试第三个选项: PypeR。我使用了pip install pyper。看起来很成功。

为了简单起见，我打开记事本，键入以下内容，并将其保存为hello.r

message <- 'goodbye'
write.table(message,'C:/Users/(my name)/Desktop/(folder)/goodbye.txt',row.names=FALSE,col.names=FALSE)

手动打开R并一次复制粘贴一行确实是可行的。但是我在使用Python时遇到了问题。下面是我尝试过的一些方法(我总是把import pyper放在最上面)：

pyper.runR("source('C:/Users/(muy name)/Desktop/(folder)/hello.r')")

这给出了NameError:未定义名称'dump_stdout‘

pyper.R("source('C:/Users/(my name)/Desktop/(folder)/hello.r')")

这将显示FileNotFoundError: WinError 2系统找不到指定的文件

r=pyper.R("C:/Program Files/R/R-3.4.1/bin/i386/Rgui.exe")
r("source('C:/Users/(my name)/Desktop/(folder)/hello.r')")

这会导致RGui打开一个空白的R控制台。然后什么都没发生。当我单击back to Python时，控制台显示Python正忙，直到我单击halt按钮，然后我得到"OSError: Errno 22 Invalid argument

执行hello.r的正确方式是什么？

谢谢

Answer 1

看起来我明白了。这是可行的：

r=pyper.R(RCMD="C:/Program Files/R/R-3.4.1/bin/R")
r.run("source('C:/Users/(my name)/Desktop/(folder)/hello.r')")