如何对R中行的子集运行t-test

Question

下面是我的数据的一部分(pairht_protein)

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我尝试对两个组之间的所有变量(列)运行t-test：

Resistant_group <- c(PAIR-01, PAIR-12, PAIR-09)
Sensitive_group <- c(PAIR-07, PAIR-02, PAIR-05)

在我创建一个函数之前，我试着选择一个变量并尝试：

t.test(m_pHSL660 ~ Subject, data = subset(pairht_protein, Subject %in% c("Resistant_group", "Sensitive_group")))

但是它给了我一个错误：'grouping factor must have exactly 2 levels'

有没有办法在这些组之间运行t-test？并有可能将其作为一个函数？

Answer 1

首先，您必须更正定义组的方式(不能在变量名上使用破折号)：

Resistant_group <- c('PAIR-01', 'PAIR-12', 'PAIR-09')
Sensitive_group <- c('PAIR-07','PAIR-02','PAIR-05')

然后，使用dplyr包创建另一个只有两个级别的因子变量：

library(dplyr)

# assuming pairht_protein is your dataset name

pairht_protein <- pairht_protein %>% mutate(sub = case_when( subject %in% Resistant_group ~1,
                                  subject %in% Sensitive_group ~2),
                          sub = as.factor(sub))

因为这个新变量将为组外的元素生成NAs值，所以您不需要设置子集：

t.test(m_pHSL660 ~ sub, data =pairht_protein)