Pymatgen:如何将查询结果转换为结构

Question

我们有现有的代码来获取许多材料(>60,000)的一些材料属性。

from pymatgen import MPRester
mpr = MPRester(api_key="")
criteria={"nelements":{'$lt':4}}
properties=["pretty_formula","cif","material_id", "formation_energy_per_atom", "band_gap"]

c = mpr.query(criteria=criteria,properties=properties)

但对于这个项目，我们需要特定形式的信息，即结构信息。我可以通过分别为每个材质ID调用它们来轻松地获得这些结构：

structures = []
for mid in mid_list:
    structures.append(mpr.get_structure_by_material_id(mid))

它在matproj.py中调用此函数：

    def get_structure_by_material_id(self, material_id, final=True,
                                     conventional_unit_cell=False):
        """
        Get a Structure corresponding to a material_id.

        Args:
            material_id (str): Materials Project material_id (a string,
                e.g., mp-1234).
            final (bool): Whether to get the final structure, or the initial
                (pre-relaxation) structure. Defaults to True.
            conventional_unit_cell (bool): Whether to get the standard
                conventional unit cell

        Returns:
            Structure object.
        """

问题是，这需要很长时间(>4小时)，有时会在调用API的过程中卡住。

有没有办法避免调用API 6万次，而是转换初始查询结果？

Answer 1

您不需要查询每个单独的mpid。您的第一个代码块已经查询了所有物料的"cif"信息！

您所需要做的就是使用PyMatGen将cif字符串转换为结构：

from pymatgen.io.cif import CifParser
structures = []
for material in c:
    structures.append(CifParser.from_string(material["cif"]).get_structures()[0])