TMB的C++，但不是针织中的Rcpp

Question

我正在使用包括C++代码的code编写一个文档。此代码将与R包TMB一起使用。我使用的是.Rnw文档。

我的主要问题是我不知道为代码块引擎指定什么。我读过一些关于非R语言的设置的问题，但我的理解是，在code中只支持Rcpp，而不是简单的C++代码。另外，这里我想通过TMB编译C++代码。在理想的情况下，我希望在编译compile文档时，.cpp文件是在工作目录中创建的，以便TMB可以在以后访问它们。但是现在，当我编译compile文档时，我得到了以下警告：

在引擎中(选项$get_engine)：未知语言引擎'cpp‘(必须通过knit_engines$set()注册)。

这里有一个简单的例子。

\documentclass{article}

\begin{document}

<<setup, include=FALSE>>=
library(knitr)
  @


<<tmbcpp, eval=FALSE, tidy=FALSE, engine='cpp'>>=
#include <TMB.hpp>

template<class Type>
Type objective_function<Type>::operator() ()
{
    DATA_MATRIX(y); 
    PARAMETER(logitGamma); // Autocorrelation

    Type nll = 0.0;

    return nll;
}

@

<<compileTMB, cache=TRUE, results="hide">>=
library(TMB)
compile("tmbcpp.cpp", flags="-Wno-unused-variable")
dyn.load(dynlib("tmbcpp"))
@

\end{document}

请注意，这里我不是在评估C++代码，我认为这可以解决问题，但似乎还不够。

任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

我想我找到了一个完美的解决方案。按照Ben Bolker的建议使用Rcpp引擎，并按照here和here的讨论使用钩子来编写代码块。

\documentclass{article}
\begin{document}

<<setup, include=FALSE>>=
library(knitr)
# To write code chunk to the working directory
knitr::knit_hooks$set(write_chunk = function(before, options, envir) {
    if (before) {
      fileConn <- file(options$label)
      writeLines(options$code, fileConn)
      close(fileConn)
    }
})
@


<<tmbcpp.cpp, write_chunk=TRUE, eval=FALSE, tidy=FALSE, engine='Rcpp'>>=
#include <TMB.hpp>

template<class Type>
Type objective_function<Type>::operator() ()
{
    DATA_MATRIX(y); 
    PARAMETER(logitGamma); // Autocorrelation

    Type nll = 0.0;

    return nll;
}

@

<<compileTMB, cache=TRUE, results="hide">>=
library(TMB)
compile("tmbcpp.cpp", flags="-Wno-unused-variable")
dyn.load(dynlib("tmbcpp"))
@

\end{document}

这不会给出任何警告或错误，只要您安装了AndréSimon提供的highlight包：http://www.andre-simon.de/。此外，它将文件保存在工作目录中，然后TMB可以访问该目录进行编译和加载。