为什么包装器函数会导致错误

Question

我正在尝试在我自己的软件包中包含一个来自Bioconductor软件包"simpIntLists“的函数。将"import(simpIntLists)“添加到名称空间文件。但是，该函数会导致错误

do_xy <- function(organism, IDType){
network <- simpIntLists::findInteractionList(organism, IDType)
}

do_xy("human", "EntrezId")

#Error message
data set ‘HumanBioGRIDInteractionEntrezId’ not foundError in get("HumanBioGRIDInteractionEntrezId") : 
  object 'HumanBioGRIDInteractionEntrezId' not found

# results in the same error (outside of the function)
simpIntLists::findInteractionList(organism, IDType)

当连接了simpIntLists时，它工作正常

# works 
library(simpIntLists) 
network <- simpIntLists::findInteractionList(organism, IDType)

Answer 1

我在这里看到了代码(https://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/html/simpIntLists.html)。这段代码似乎没有考虑到在没有安装的情况下使用包的情况。

供您参考，此错误的相关部分位于第52行附近。

else if (organism == 'human'){
  if (idType == 'EntrezId'){
    data(HumanBioGRIDInteractionEntrezId);
    interactionList <- get("HumanBioGRIDInteractionEntrezId");
  }

它会尝试将数据获取到名称空间，但如果还没有通过library导入包，则会失败。这只会生成一个警告。然后，当它尝试使用该数据时就会出现错误，因为该数据在命名空间中不存在。

一种解决方法是在代码中显式导入数据。然后您可以使用如下所示的函数。请注意，由于嵌入的包代码，该警告仍然存在。如果警告令人讨厌，请使用suppressWarnings。

data(HumanBioGRIDInteractionEntrezId, package="simpIntLists")
simpIntLists::findInteractionList("human", "EntrezId")