从pymatgen结构对象中提取坐标和原子类型

Question

提取原子坐标列表的语法是什么？[x1，y1，z1，x2，y2，z2，...]和原子物种列表，例如。1,1,1,1来自pymatgen结构对象？

Answer 1

这是一个相当古老的问题，但如果你(或其他人)需要答案，它如下所示：

from pymatgen.core.structure import Structure, Lattice

structure = Structure(lattice, atoms, coords)#some structure

coordinates = []
species = []

for s in structure:
        coordinates.append(s.coords) #cartesian coordinates
        #coordinates.append(s.frac_coords) #would give fractional coordinates instead
        species.append(s.specie.Z)
        #species.append(s.specie) #would give strings (e.g. "Fe") instead of atomic number

print(coordinates)
print(species)

Answer 2

从pymatgen导入结构对象

from pymatgen import Structure

从.cif文件中读取cif结构

structure_from_cif = Structure.from_file('mp-773116La20S29O.cif')

获取坐标

cartesian_coords = structure_from_cif.cart_coords

要获取物种，您可以执行以下操作

for i in structure_from_cif.species:
    print(i)