在Google Colab中安装RDKit

Question

我想不出如何解决以下问题。直到今天，我还在使用下面的代码片段在Google Colab中安装RDKit：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

然而，今天我开始收到以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-d24c24e2d1f9> in <module>()
----> 1 from rdkit import Chem
      2 import networkx as nx

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我尝试使用完整的Anaconda发行版，而不是Miniconda，并将python版本更改为3.6和3.8，但似乎都不起作用。

Answer 1

我认为在安装Miniconda时需要指定python 3.7 (当前的rdkit版本支持python 3.7)，最新的Miniconda版本是py3.8：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

https://colab.research.google.com/drive/1MAZyv3O4-TrI8c1MD4JVmwExDquaprRT?usp=sharing

Answer 2

如果希望避免安装Conda，可以只解压缩anaconda包

# version 2018 is quite easy
# download & extract
url = 'https://anaconda.org/rdkit/rdkit/2018.09.1.0/download/linux-64/rdkit-2018.09.1.0-py36h71b666b_1.tar.bz2'
!curl -L $url | tar xj lib
# move to python packages directory
!mv lib/python3.6/site-packages/rdkit /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/
x86 = '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
!mv lib/*.so.* $x86/
# rdkit need libboost_python3.so.1.65.1
!ln -s $x86/libboost_python3-py36.so.1.65.1 $x86/libboost_python3.so.1.65.1

对于最新的版本，由于libboost1.67，它有点复杂。所以，我把它放到了我的kora库中。

!pip install kora -q
import kora.install.rdkit

您将获得2020.09.1版本

Answer 3

我创建了一个Python包来简化设置。你可以在here上找到它。

它将安装Miniconda (或任何其他口味)，并修补一些让Colab变得棘手的东西。

像这样使用它(笔记本中的第一个单元格)：

!pip install -q condacolab
import condacolab
condacolab.install()

内核将重新启动，然后您将能够使用!shell语法运行conda或mamba：

!mamba install -c conda-forge rdkit

有关更多详细信息，请查看存储库！