使用R从数据库导入数据时，不允许重复的'row.names‘

Question

当使用以下命令从数据库(ArrayExpress)导入数据时-

anno_AE <- getAE("Accessionid", path = raw_data_dir, type = "raw")
sdrf_location <- file.path(raw_data_dir, "Accessionid.sdrf.txt")
SDRF <- read.delim(sdrf_location)

在这之后-

rownames(SDRF) <- SDRF$Array.Data.File

得到像这样的错误-

Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 
  duplicate 'row.names' are not allowed
In addition: Warning message:
non-unique values when setting 'row.names':

如何解决这个问题？

Answer 1

您可能在SDRF$Array.Data.File中有重复的值。尝试使用make.unique使值唯一。

rownames(SDRF) <- make.unique(SDRF$Array.Data.File)