SimpleHypergraphs.jl -从文本文件加载超图

Question

我正在使用SimpleHypergraphs.jl库，并尝试从csv之类的文本文件构造超图。

例如，我想从csv文件加载一个超图，如下所示：

0.0, 7.0, 0.0, 0.0
1.3, 2.8, 4.5, 0.0
0.0, 1.3, 3.1, 4.2
1.2, 0.0, 5.6, 5.0

using SimpleHypergraphs
using CSV

df = CSV.read("edge_weights.csv", DataFrame)
m = Matrix{Float64}(df)
h = Hypergraph(m)

我收到以下错误："ERROR: MethodError: no method matching Hypergraph(::Matrix{Float64})“

我是Julia的新手，我真的希望能有一个例子来说明我是如何做到这一点的。谢谢!

Answer 1

作为Hypergraph构造函数传递的矩阵应该具有Union{Nothing, T}类型的元素，其中T是某种数值类型(例如Matrix{Union{Float64,Nothing}}，而不仅仅是Matrix{Float64}。

在SimpleHypegraphs.jl中，我们使用nothing (而不是0)来表示顶点不属于超边，因为在许多超图算法/应用程序中，顶点可能属于零权重的超边。

因此，您可以使用以下代码读取文件(为了重现性，我将文件内容放入一个文本变量中)：

using DataFrames, CSV, SimpleHypergraphs

txt = """0.0, 7.0, 0.0, 0.0
1.3, 2.8, 4.5, 0.0
0.0, 1.3, 3.1, 4.2
1.2, 0.0, 5.6, 5.0"""

df = CSV.read(IOBuffer(txt), DataFrame;header=0)

mat = Matrix{Union{Float64,Nothing}}(df)

这个矩阵现在可以很容易地用作Hypergraph构造函数。

julia> h1 = Hypergraph(mat)
4×4 Hypergraph{Float64, Nothing, Nothing, Dict{Int64, Float64}}:
 0.0  7.0  0.0  0.0
 1.3  2.8  4.5  0.0
 0.0  1.3  3.1  4.2
 1.2  0.0  5.6  5.0

但是，这可能不是您所需要的，因为零(0.0)表示顶点属于具有零权重的超边的情况：

draw(h1, HyperNetX)

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因此，您可能实际上希望将零转换为nothing，以表示顶点不属于超边的情况：

h2 = Hypergraph(replace(mat, 0 => nothing))

现在你得到了你想要的：

draw(h2, HyperNetX)

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