与生物学相关的列表理解

Question

我正在试着写一个函数，使用列表理解关于开放阅读框架，使用一个只有停止密码子的字典。程序一次接受三个字母，如果这三个字母是停止密码子之一，则程序停止并计算字母数(停止密码子不计算，之后也不计算)。

例如，nextStop2('AAAAAAAGTGGGTGCTAGGTTGGC')应该返回15。这是我到目前为止得到的结果，但是python一直告诉我语法错误。有人能给我一些关于如何改进的建议吗？

def nextStop2(Seq):
    GeneticCodeStop = {'TAA':'X', 'TAG':'X', 'TGA':'X'}
    seq2 = ''.join(i if GeneticCodeStop[Seq[i:i+3]]!='X' else end_of_loop() 
                   for i in range(0,len(Seq),3))
    return len(seq2)

下面是使用for循环的正确代码(由diggusbickus提供)。我试图将其转换为列表理解，但不确定其语法。

def nextStop2(Seq):
    GeneticCodeStop = ['TAA', 'TAG', 'TGA']
    seq2=''
    for i in range(0,len(Seq),3) :
        codon=Seq[i:i+3]
        if codon in GeneticCodeStop:
            break
        seq2+=codon
    return len(seq2)

Answer 1

itertools.takewhile (自下而上阅读评论)：

''.join(  # joining them into a single string
    itertools.takewhile(
        lambda x: x not in GeneticCodeStop, # until a stop codon found
        (Seq[i:i+3] for i in range(0, len(Seq), 3))  # iterate codons
    )
)

Answer 2

以Marat的答案为基础。返回字符串的长度，而不为副本分配空间：

def nextStop2(Seq, GeneticCodeStop=['TAA', 'TAG', 'TGA']):
    return sum(3 for _ in
        itertools.takewhile(
            lambda x: x not in GeneticCodeStop,
            (Seq[i:i+3] for i in range(0, len(Seq), 3))
        ))