问Bio.Alphabet _verify_alphabet函数现在位于何处？
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Stack Overflow用户

提问于 2020-11-05 00:23:48

回答 1查看 101关注 0票数 1

由于Bio.Alphabet recently是在Bio.Seq中迁移的，我想了解一下_verify_alphabet函数现在位于何处。

我也可以完全重写函数，但由于我只是更新旧的python代码，所以我更喜欢使用已经发布的代码。

谢谢您一直鼓励我

python

bioinformatics

biopython

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-11-05 06:01:37

我担心Bio.Alphabet没有被迁移，它已经被弃用，现在已经在Biopython1.78中被完全删除。这是_verify_alphabet的old source code。幸运的是，您可以很容易地模拟该函数：

def _verify_alphabet(sequence, alphabet):
    alphabet = set(alphabet) 
    return all(letter in alphabet for letter in sequence)

print(_verify_alphabet("AATGC", "ATCG"))
print(_verify_alphabet("AATUC", "ATCG"))

票数 3

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/64683901

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