skeleton_to_csgraph (python)的坐标错误

Question

我正在使用骨架到csgraph()来分析我已经获得的骨架，这个函数应该向我返回一些数据，其中包括矩阵(N+1)中所有骨架的点的坐标(N+1)x 2，其中N是点数。然而，在一种情况下，这个函数会无缘无故地给我一个坐标矩阵，但有一些错误。有人知道错误可能来自哪里吗？

有关该函数和包的更多信息，请单击此处：https://jni.github.io/skan/

Lines of the coordinates matrix given by skeleton-to-csgraph function. At the line 326 an unexplained error, it should be an int and not a float value because it is a pixel index

使用栅格时，值为1或0的int32 200,100的ndarray。此链接中的文件：https://drive.google.com/drive/folders/12xwZBv3RKQ4Q802jXPAhtYZXHrsMytMl?usp=sharing

skeleton, distance = medial_axis(grid, return_distance=True)
graph, coordinates, degrees = skeleton_to_csgraph(skeleton)

如图所示，对于一个坐标，我得到的不是整数值

Answer 1

您遇到的问题是因为skan需要将结点像素折叠到它们的质心中，以便生成连贯的图形。详情请参见https://doi.org/10.7717/peerj.4312/supp-2。很抱歉，这没有更好的文档。我已经提出了一个问题，以在未来改进这一点：

https://github.com/jni/skan/issues/121

这个问题也是相关的:坐标数组包含所有节点坐标，但也包含一些垃圾坐标：

https://github.com/jni/skan/issues/108

欢迎在github上继续讨论！?

Answer 2

下面的步骤如下:注意:我是在jupyter笔记本上运行的，你会看到的！在安装开始时

!pip install git+https://github.com/jni/skan # install latest version github

加载数据，并处理它。

import numpy as np
from skimage.morphology import medial_axis
from skan import skeleton_to_csgraph
from skan import _testdata
from skan import draw
from matplotlib import pyplot as plt
grid = np.load('grid.npy') # this is the file you shared through google drive

skeleton, distance = medial_axis(grid, return_distance=True)
graph, coordinates, degrees = skeleton_to_csgraph(skeleton)
fig, ax = plt.subplots()
draw.overlay_skeleton_networkx(graph,coordinates, image=skeleton,axis=ax)

fig, ax = plt.subplots()
draw.overlay_skeleton_2d(grid, skeleton, dilate=1, axes=ax);

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Complete code screen snap

Answer 3

在某些特定情况下，函数skeleton-to-csgraph()似乎存在问题。但是为了克服这个错误，下面的代码提供了您应该得到的结果：

a = np.where(skeleton == 1 )
b = np.array([a[0], a[1]]).transpose()
coordinates = np.vstack(([0,0],b))

对于骨架，包含骨架图像和坐标的numpy数组，这是您应该使用skeleton-to-csgraph()获得的结果，其中包含骨架点的所有坐标。