特定空间模式下的细胞集落生存图谱

Question

我试图在给定的细胞烧瓶扫描图像中绘制细胞存活率的空间图。快速背景:细胞已经接受了通过网格传递的高剂量的辐射(质子/X射线)，因此一些区域被辐射覆盖，而其他区域则没有。在扫描这些细胞集落后，图像然后被馈送到分割算法(在该算法中，我已经使用Matlab语言开发)，提供了每个检测到的可存活菌落的质心坐标(c_i = (x_i，y_i))。

我已经对网格“条纹”进行了这种类型的评估，我沿着单一维度(x)计算了条带内的菌落数，并测试了不同条带宽度Δx (如下图所示)。然而，我的问题是网格‘洞’(见右图)-我如何在给定质心坐标的情况下对二维(x和y)的细胞集落存活执行相同类型的评估？我必须“径向思考”吗？

提前感谢您对此问题的任何指导或帮助。

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Answer 1

你的方向是对的。在左边的图像中，变化是沿着x轴的，您正在使用一个新的轴来提高电镀效率(y轴)。

同样，对于grid -你必须引入一个新的轴:Z轴。假设您的图像i是500x500，每个网格单元是50x50。因此，您将创建一个10x10网格G，其中G的每个单元都是I的一个50x50网格单元中的质心计数。

由于可视化三维图表很困难，人们使用图像，其中z轴的值是图像中的强度或灰度图像的灰度值。为了将图像用作可视化工具，请确保将z轴值标准化在0,1或0,255范围内。