使用loop -R将字符串从列传递到函数

Question

我有一个包含大约10，000个物种的数据集。对于数据集中的每个物种，我想查询IUCN数据库中每个物种面临的威胁。我可以使用包rredlist中的rl_threats函数一次对一个物种执行此操作。下面是一个函数的例子，这个例子拉取北极兄弟会面临的威胁，并将它们分配给对象test1 (key是一个字符串，用作使用IUCN API的密码，保持不变，parse应该是真的，但不重要)。

    test1<-rl_threats(name="Fratercula arctica", 
                  key = '1234',
                  parse = TRUE)

我想要获得我的数据集中所有10,000个物种的威胁。我的想法是使用一个循环，该循环将我的数据集中的名称传递到rl_threats命令的name=“”字段中。这是我试图构建的一个基本循环，但我得到了很多错误：

   for (i in 1:df$scientific_name) {
    rl_threats(name=i, 
             key = '1234',
             parse = TRUE)
    } 

我如何将scientific_name列中的物种名称传递到rl_threats函数中，使R循环遍历并为每个物种拉出威胁？

谢谢你。

Answer 1

您可以创建一个列表来存储输出。

result <- vector('list', length(df$scientific_name))
for (i in df$scientific_name) {
  result[[i]] <- rl_threats(name=i, key = '1234', parse = TRUE)
}

您还可以使用lapply：

result <- lapply(df$scientific_name, function(x) rl_threats(name=x, key = '1234', parse = TRUE))