使用knitr::knit编译多个RNW文件

Question

我有一个基本的文件夹结构，如下所示：

> Top/    
    > FolderA/
    > FolderB/

在每个文件夹A/和文件夹B/ ...etc中。有一个名为myfile.rnw的文件

每个rnw文件由以下代码组成：

<<setup, eval=TRUE, include=FALSE, echo=FALSE>>=
library(knitr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
opts_chunk$set(fig.path=paste("figure", unique_letter, "/", unique_letter, sep="")) 
#pretend that unique_letter makes the figure path unique for each rnw file
@
\documentclass[10pt]{article}
\begin{document}
Hello. This is file A. See the figure below.
<<plot, fig.cap="My test caption", include=TRUE, echo=FALSE>>=
a = data.frame(A = seq(1:100)) %>% 
  mutate(B = A^3)
myplot = ggplot()+
  geom_area(data = a, aes(x = A, y = B))
myplot
@
\end{document}

我正在尝试用以下代码使用knitr来编译每个rnw文件：

library(knitr)

mylist = list.files(path = "Path/To/Top",
                   pattern = ".rnw",
                   full.names = TRUE,
                   recursive = TRUE,
                   ignore.case = TRUE,
                   include.dirs = FALSE)

for (i in 1:length(mylist)) {
  knit(mylist[[i]], output = paste(dirname(mylist[[i]]), "/myfile.tex", sep = ""))
}

但是，当我运行代码来编译多个rnw文件时，我最终得到了一个.tex文件，但是没有一个文件夹来保存所有的图形。我使用下面的链接作为参考(前两个是非常相关的)：

Can Sweave produce many pdfs automatically?

Using loops with knitr to produce multiple pdf reports... need a little help to get me over the hump

然后这个似乎是相关的，因为在我的实际文件夹结构中，rnw文件正在寻找多个R分析文件(.R)和常规的rnw文件，以查找重复的文本，并替换一些变量。

https://github.com/yihui/knitr/issues/913

尽管我不认为这是完全相关的，因为我可以将pdf文档分别放在与rnw文件相同的目录中。

我似乎不能使用knit2pdf，因为它不能与我的R版本(我正在恢复的过程中，以便我可以使用它)。

我还有下一步要将.tex文件转换成PDF，但是.tex文件现在无论如何都不会编译，因为figure文件夹并不是为rnw文件创建的。如有任何帮助，我们不胜感激！